Le projet WALCOMFIN a été initié en 1999 dans le but de remplacer le GCOM (c.à.d. le système informatique actuel de gestion comptable et budgétaire) dans son module « dépenses ».

A cette époque, le Gouvernement wallon et le Gouvernement de la Communauté française estimaient que le GCOM devait être modernisé, mais souhaitaient également qu’une étude soit réalisée quant à la faisabilité de la mise en place d’une comptabilité publique en partie double, s’inspirant du modèle comptable des entreprises.

Un travail de réflexion, mené par des fonctionnaires métiers de la Région et de la Communauté, a débouché sur un rapport détaillé, rendu en juillet 2003.

La seconde phase du projet a consisté en une mission d’étude complémentaire, commandée en mai 2002 par les Ministres du Budget des deux entités. Cette étude a permis de réorienter les premiers travaux, suite à l’adoption de la loi fédérale du 16 mai 2003, et a mené à l’adoption des principes stratégiques pour la nouvelle comptabilité publique en Région wallonne et en Communauté française (par le Gouvernement wallon en juin 2003 et par le Gouvernement de la Communauté française en novembre 2003).

Le projet entre ensuite dans une troisième phase. En préliminaire de celle-ci,  des études complémentaires sont réalisées, essentiellement une étude portant sur un plan comptable alternatif, clôturée en mars 2006.

En décembre 2006 pour la Région wallonne et en juillet 2007 pour la Communauté française, les Gouvernements respectifs autorisent le passage à la phase III opérationnelle du projet et la mise en place de la structure de pilotage du projet. La volonté des Gouvernements était de constituer des équipes internes pluridisciplinaires, notamment par leur composition, avec des compétences et des expériences diverses, principalement dans les domaines de la comptabilité publique, de la comptabilité des entreprises et du droit.

Par arrêtés des Gouvernements wallon du 18 janvier 2007 et de la Communauté française du 6 juillet 2007, les membres des équipes internes ont été désignés : 1 chef de projet adjoint Région Wallonne, 1 chef de projet adjoint Communauté française, 1 conseiller juridique, 1 économiste et 1 secrétaire de direction. Ces équipes sont fonctionnelles depuis le 1er juillet 2007 pour la Région Wallonne et le 1er mai 2008 pour la Communauté française.

Pour coordonner les travaux des deux entités, un chef de projet coordinateur a été désigné par un arrêté du Gouvernement wallon du 18 janvier 2007. Enfin, les équipes internes travailleront en collaboration avec des spécialistes fonctionnels des deux entités et bénéficieront de ressources ponctuelles en Communauté française, ainsi que du support d’ETNIC, qui a nommé en son sein un chef de projet fonctionnel.